Il est l'Ultime Étudiant Chanceux.

Nagito apparaît tout d'abord comme très attentionné et gentil, mais il se révèle ensuite avoir une idéologie de l'espoir le poussant à très peu tenir compte des limites morales, surtout qu'il est cliniquement dément. Après avoir montré cet autre aspect de sa personnalité, il explique que l’espoir est la chose la plus importante au monde, né de la destruction du désespoir; c'est donc le sentiment le plus extraordinaire que l’on puisse avoir. Nagito ne semble pas tenir à sa propre vie, en fait il encourage les autres élèves à le tuer pour sortir de l'île car il estime que cela les pousseraient à utiliser tout leur potentiel pour survivre, et leur apporterait donc de l'espoir. Il se considère comme sans valeur par rapport aux autres Lycéens d’Élite, affirmant que son talent est pathétique - bien qu'il reconnaisse son utilité à quelques occasions - et qu’étant comme une personne sans talent, il ne sera jamais considéré comme quelqu'un de spécial. Plus tard cependant, les autres étudiants découvrent toute l'étendue de sa chance incroyable, dans le cinquième procès.

Ironiquement, malgré sa croyance absolue pour le concept de l’espoir ultime, il soutient qu’il n’a pas d’espoir en lui-même, n’ayant plus de famille. En réalité, il dérivait sans réel but avant d’arriver à l'Académie Kibougamine, ne croyant pas qu’il pourrait devenir qui que ce soit, et que la moindre possibilité qu’il puisse atteindre un quelconque bonheur serait anéanti par son cercle de chance et de malchance.

En effet, la vie de Nagito a toujours tourné autour de la "chance" et la "malchance". L’événement connu le plus ancien qui le confirme est lorsque ses parents ont été tués devant ses propres yeux après qu’une météorite se soit écrasée sur un avion détourné dans lequel ils étaient, le laissant seul héritier de leur fortune et libre de faire ce qu’il souhaitait, comme il n’avait pas d’autre parent encore en vie. Après la mort de ses parents, au collège, Nagito a été enlevé par un tueur en série; mais il a été libéré après que la police l’ai retrouvé, et dans le sac à ordures dans lequel il avait été enlevé, Nagito a découvert un billet de loterie. Il fut le gagnant de 3 millions de yen; dans cette situation, le billet de loterie était le seul élément de sa vie qu’il considérait comme de la bonne fortune. Il a déclaré que son cercle de chance et malchance l’avait usé au point qu’il a finit par dériver sans but dans la vie, en attendant de mourir.

A un certains moment, il a probablement succombé au désespoir avec tous les autres. Après la mort de Junko Enoshima, il découpa sa main gauche et se l’attacha au bras, bien que ce ne soit plus une main fonctionnelle.

Lors du Neo World Program, celui-ci à perdu comme tous les autres sa mémoire. Il commence par agir de façon polie et aimable envers tout le monde, surtout envers Hajime qu'il aide à se présente à tout le monde, jusqu'au jour où Byakuya suggère d’organiser une fête. Grâce à sa chance, il est choisit pour nettoyer le vieux pavillon. Il a fait usage de cette opportunité pour s’assurer qu'un meurtre se produise durant la fête, et révèle ce plan à Teruteru, qui devait préparer la nourriture pour la fête, quand celui ci le surprend en train de cacher un couteau. Lors de la fête, quand les lumières s'éteignent et que Nagito s'apprête à attraper le couteau qu’il avait posé sous la table, via le fil électrique de la lampe, il est repoussé par Byakuya - qui était au courant de la situation. Celui ci se fait tuer par Teruteru, qui visait Nagito à la place.

Nagito révèle son plan au cours du procès, et tout le monde commence alors à se méfier de lui et à le haïr. Nagito n’est pas présent pour enquêter sur la nouvelle île au Chapitre 2, puisqu'il a été ligoté par Kazuichi et Nekomaru pour éviter que le même incident se reproduise. Après que la nouvelle soit divulguée, certains ont été affectés pour lui fournir les repas, dont Mahiru et Hajime.

Lors des événements du Chapitre 2, il convainc Hajime de jouer au jeu Twilight Syndrome Murder Mystery et l’aide à comprendre que tout ce qui s’est passé dans le jeu allait arriver. Nagito a pu déduire le propriétaire des empreintes laissées sur la plage en se rendant dans la chambre de tout le monde, et il s’agissait de celles d’Hiyoko Saionji. Le piège du coupable se retourne contre lui-même grâce à Nagito, en déclarant que le bonbon de gélatine jaune a délibérément était abandonné par le coupable pour faire accuser Hiyoko. Mais Hiyoko a dit à tout le monde qu’elle n’a jamais mangé de bonbon jaune de sa vie, et c’est prouvé par le paquet de bonbon que Nagito a trouvé dans la chambre d’Hiyoko. Pour cette raison, Hajime, lui-même et Chiaki sont en mesure de déduire que c’est Peko Pekoyama qui a tué Mahiru Koizumi.

Le lendemain matin, au commencement des événements du Chapitre 3, Nagito ainsi que Gundham arrivent en retard au restaurant, qui en vient à détruire la confortable atmosphère. Plus tard, lui, Ibuki et Akane attrapent la fièvre du désespoir, le motif du Chapitre 3, perdant les souvenirs qu’il a depuis le début. Après que Mikan l’ait soigné, il retrouve la mémoire lorsque le troisième meurtre se produit.

Nagito joue un rôle majeur au Chapitre 4. En terminant le Jeu Final de la Mort dans la Chambre Finale de la Mort, il reçoit des prix spéciaux de la part de Monokuma, la suite du premier fichier sur la Future Fondation qu’ils ont reçu après être monté sur les montagnes russes, ainsi que le profil de l’étudiant d’Hajime Hinata.

Il s’appuie sur sa chance exceptionnelle pour orchestrer sa propre mort au Chapitre 5 dans le but de révéler l’identité du traître du groupe. Toutefois, cela ne suffit pas; après qu’il ait été déterminé dans le procès qu’il n’y avait aucun moyen de savoir qui l’avait tué, les autres élèves ont voté pour Chiaki, qui s’était dévoilée comme étant la traître, en s’appuyant sur la chance de Nagito pour les sauver.

Il est actuellement dans un état comateux tout comme la plupart de ses camarades.

Plus tard il a repris conscience et avec le reste de ses camarades de classe, et , ensemble , ils ont arrêté Ryota Mitarai  et son plan de lavage de cerveau du monde

A la fin, Nagito et ses camarades de classe ont décidé d'expier leurs péchés que les anciens membres du Désespoir ultime..

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Danganronpa 3 : The End of Kibougamine Gakuen - Kibou Hen ( passé des personnages )

Nagito Komaeda faisais partie d'une des classes spéciales de la Hope Speak Academy en raison du talent qui fait de lui un Ultime Étudiant. Il possède des cheveux blancs et ébouriffés ainsi que des yeux verts.

Le garçon ne fait pas partie des élèves qui ont régulièrement l'habitude d'aller en cours par rapport au règlement qui leur permet de consacrer tout leur temps à leur domaine de prédilection.Chisa part donc aussi à sa recherche. Il est d'ailleurs le neuvième élève qu'elle parvient à récupérer.

Nagito apparaît pour la première fois lorsqu'il souhaite obtenir une boisson dans un distributeur automatique après avoir payé le prix de cette boisson. Seulement, rien ne sort de la machine. C'est alors qu'un camion sort de nulle part et écrase la machine, ce qui permet au jeune homme d'obtenir une grande quantité de boissons gratuites. Chisa vient ensuite à sa rencontre. Tous ses éléments correspondent bien au talent de Nagito, celui de l'Ultime Chanceux.

Très souriant et agréable, Nagito semble être un garçon facile à vivre et très appréciable. Seulement, il possède tout de même un grand défaut qui correspond à celui de se rabaisser lui-même sans raison. Il se considère ainsi comme un déchet qui n'a pas sa place dans la classe. Chisa lui affirme toutefois qu'il se trompe totalement, ce qui a tendance à le faire rire.

De plus, Nagito aime beaucoup l'idée de sa professeure concernant son idée de développer l'espoir. Il montre d'ailleurs une grande fascination lorsqu'elle prononce ce mot qu'est l'"espoir" et décide de la suivre dans son idée.