C'est le fils d'Ethan  Hondo , agent de la CIA, et le frère d'Hidemi Hondo , également agent de la CIA, infiltrée au sein de l'Organisation des Hommes en Noirs.  Hondo est un ami de Ran.

Eisuke Hondo apparaît pour la première fois peu de temps après l'une des confrontations entre Conan et l'Organisation, durant laquelle il fut révélé que la reporter Rena Mizunashi était l'un de leurs membres. Il rentra au lycée Teitan et devint rapidement ami avec Ran Mouri et Sonoko Suzuki , qui remarquèrent la ressemblance frappante avec Mizunashi. Un peu plus tard, Eisuke rend visite à Kogoro dans son bureau, et rentre dans Conan . Après qu'il eut exprimé un vive intérêt dans le travail de Mouri , Ran lui proposa de venir quand il voulait, une proposition qui déplut à Conan, trouvant Eisuke suspect. Ces soupçons furent confirmés par le fait que dans plusieurs affaires, il fit des bévues qui contribuaient "accidentellement" à la découverte de la solution de l'affaire. Conan finit par découvrir que Eisuke était en effet relié à Rena Mizunashi. Il est venu à Tokyo chercher des indices sur la localisation de sa soeur, suite à la découverte du travail de la reporter par hasard. Il apprit la vérité par Conan, Hidemi et Shuichi Akai : sa soeur, Rena Mizunashi - et dont le vrai nom est Hidemi Hondo - ainsi que son père sont tous les deux des agents de la CIA travaillant contre l'Organisation des hommes en noir. Après cette révélation, on lui offrit une place dans le programme de protection des témoins, mais il refusa cette aide, décidé à suivre les pas de sa famille en rejoignant la CIA. Tout seul, avec Conan , il avoua qu'il était tombé amoureux de Ran, et qu'il voulait l'emmener avec lui aux Etats-Unis. Quand Conan protesta, Eisuke rigola, expliquant que la réaction de Conan était la confirmation finale qu'il lui manquait pour savoir que Conan est en réalité Shinichi Kudo et qu'il est responsable du succès de "Kogoro l'endormi". Il demanda alors à Conan/Shinichi de prendre bien soin de Ran  à sa place, et promit de garder son secret.

Eisuke est très malchanceux et maladroit. Il se cogne partout et tombe constamment. Malgré sa maladresse, il est plutôt bon observateur et intelligent. Avec seulement quelques indices, il fut capable de retrouver sa soeur disparue à l'hôpital central de Haido, où le FBI la gardait. Il réussit même à pénétrer dans la chambre de Rena Mizunashi - qui est en réalité sa soeur Hidemi - pour la confronter, avant qu'il ne soit découvert par Conan. Il découvrit que Shinichi et Conan sont la même personne avant de rencontrer Conan, et réussit à lui faire avouer la vérité plus tard. Eisuke est plutôt jovial et sympathique, ainsi que très émotionnel; dans les situations stressantes, il laisse souvent ses sentiments parler.