Enfants, Junko et sa sœur Mukuro vivaient dans des conditions abjectes. Junko dit avoir regretté le moment de sa propre naissance, que cela avait été une erreur.

Junko commença une carrière de mannequin et devint rapidement une référence parmi la population japonaise; cela créa beaucoup d'attention, et selon Mukuro qui était déguisée en tant qu'elle, les seuls hommes intéressés par Junko étaient des "obsédés qui ne se souciaient pas vraiment d'elle". Elle entra plus tard à l'Académie avec sa sœur Mukuro. Junko se lia d'amitié avec ses camarades de la Classe 78, tout en échafaudant son plan de création d'Ultime Désespoir avec Mukuro. Les deux sœurs jumelles planifièrent le Lycée des meurtres afin de leur infliger du "vrai désespoir".

Avant la Tragédie, elle fut la responsable de la mort de plusieurs autres étudiants, dont un faisant partie du Comité d'Organisation et l'autre étant Isshiki Madarai. Pendant ce temps, elle testait des méthodes pour effacer la mémoire, et réussit à effacer la sienne avec l'aide de son ami d'enfance, Yasuke Matsuda.

Pendant un moment, elle vécut en tant qu'amnésique sous le nom de Ryouko Otonashi avant de finalement retrouver la mémoire, après avoir tué Yasuke dans une crise de désespoir.

Durant tout le long du premier jeu, Junko travaillait en coulisses et contrôlait Monokuma pour causer de l'anxiété entre les étudiants et les forcer à s’entre-tuer. Elle enregistra tout ce qui se passait et mit en route la retransmission télévisée du programme comme une télé-réalité, afin que le public ressente lui aussi le désespoir de voir des Lycéens d'élite se tuer l'un l'autre. Junko décida, probablement sur un coup de tête, de tuer Mukuro, afin de "donner l'exemple" pour que les étudiants n'osent pas s’attaquer à Monokuma. Elle donna comme raison que Mukuro agissait d'une manière ne ressemblant pas du tout au déguisement de Junko qu'elle était sensée incarner. Les étudiants virent Mukuro mourir en pensant que Junko venait de mourir, car aucun ne se souvenait de l'existence de Mukuro. Cela écarta pendant un long moment Junko de tout souci quant à l'identité de celui qui contrôlait Monokuma.

Junko manipula et motiva les étudiants comme Celeste ou Mondo de s’entre-tuer pour son propre plaisir. Elle réalisa ensuite que Kyouko avait réussi à se glisser dans le bureau du principal et avait volé la clé pouvant ouvrir toutes les portes du lycée, ainsi que des informations sur Mukuro. Junko décida alors de briser ses propres règles et d'orchestrer un piège, en utilisant le cadavre de Mukuro. Elle réussit presque à tuer Makoto et à blâmer le faux crime sur Kyouko, des efforts en vain puisque Kyouko sauva Makoto au moment où Junko s'apprêtait à poignarder le Lycéen d'Elite de la Chance. Makoto décida de passer sous silence le mensonge de Kyouko durant le Tribunal de Classe quand il annonça qu'elle n'avait pas pu entrer dans sa propre chambre.

Junko n'eut pas le choix que d'accuser Makoto. Cependant, l'exécution de Makoto fut interrompue par l'intervention d'Alter Ego qui l'envoya dans la déchetterie de l'école. Monokuma se moqua des étudiants et leur affirma que si Makoto avait survécu à son exécution, rien ne garantissait que sa chute ni son séjour dans la déchetterie ne lui serait pas fatale.

Mais c'était sans compter sur Kyouko sautant également dans le gouffre donnant sur la déchetterie pour le sauver. Junko fut acculée quand Makoto et Kyouko revinrent dans le gymnase pour lui poser un ultimatum. Elle fut forcée d'accepter un nouveau Tribunal, mais sans se faire de souci, sûre et certaine qu'ils ne pourraient supporter l'idée que la Tragédie avait détruit le monde extérieur.

Durant le dernier Tribunal de Classe, Makoto et Kyouko tirèrent la conclusion que Junko était la marionnettiste de cette mascarade, le cerveau derrière le Lycée des Meurtres. Elle confirma les suspicions des derniers étudiants - qu'elle leur avait effacé des souvenirs d'au moins deux ans. Elle soumit alors un vote entre l'idée abstraite de l'Espoir, et son propre Désespoir, où tous les étudiants vivraient leur vie entre les murs de l'Académie, en sécurité - sauf Makoto, qui recevraient l'Ultime Exécution.

Makoto rassura les étudiants ayant survécu qu'il existait bien un futur en dépit des difficultés, et ainsi les convainquit de voter l'Espoir, condamnant Junko à l'Ultime Exécution.

Au départ livide quand les résultats furent annoncés, Junko fut soudainement incroyablement ravie de pouvoir goûter à son Désespoir pour la dernière fois. Elle accepta sa mort avec plaisir, mais pas avant de jeter vers les étudiants restants le boîtier qui ouvrirait la porte centrale donnant vers l'extérieur.

Danganronpa 3 : The End of Kibougamine Gakuen - Kibou Hen ( passé des personnages )