Chihiro Fujisaki est la lycéenne d’élite programmeur. Elle se retrouve comme tous ses camarades dans le gymnase où Monokuma leur explique ce qu’ils doivent faire pour sortir de cette académie.

Possédant un certain talent pour l'informatique, Chihiro a créé énormément de logiciels innovants et travaillé pour une intelligence artificielle avec une intelligence et un ego propre. De plus, sa personnalité timide lui vaut une horde de fanatiques en plus de détester les conflits entra amis, comme le suggère son intervention avec Byakuya après l'exécution de Léon pour laquelle Chihiro se sentait coupable.

Ce plus selon Makoto, il est impossible de refuser quoi que ce soit à cette fille. Sauf que cette fille est en faite un garçon. En effet, celui-ci ayant une santé fragile depuis son plus jeune âge, il a alors été victime de persécution et poursuivi par la phrase "Sois un homme", celui-ci n'arrivant pas à devenir plus fort à décidé de se travestir pour ne plus qu'on le méprise de par sa "faiblesse", sachant que si l'on découvrait cela, sa vie serait beaucoup plus dure qu'avant, il a alors décidé de garder cela secret.

Malheureusement, le deuxième mobile de Monokuma pour inciter au meurtre était la menace de la révélation de leurs pires secrets, son secret étant évidemment "Chihiro porte des vêtements de fille alors que c'est un garçon". Cependant, alors qu'il aurait dû, comme le prévoyait Monokuma, tomber dans le désespoir, il était le seul d'accord avec Taka pour le révéler. Il décida alors d'en parler avec Mondo, qui l'avait défendu plus tôt lors de son altercation avec Byakuya car il détestait qu'on s'en prenne aux plus faibles et qu'il admirait de par sa force physique incroyable. Il lui donna alors rendez-vous dans les vestiaires et partit chercher une tenue de sport mais sera intercepté par Celes qui passait par là. Lorsqu'il révéla son secret à Mondo dans le vestiaires des garçons ainsi que sa volonté à devenir plus fort, celui-ci était choqué du cran dont faisait preuve Chihiro à ce moment là et se mit à l'envier, avant d'entrer dans une rage incontrôlée et tua alors Chihiro avec un haltère. Son cadavre sera découvert dans le vestiaire des filles par Byakuya qui décidera de le crucifier et d'écrire le message "Fièvre du bain de sang" avec son sang pour faire croire à une meurtre de Genocider Syo. Avant de mourir, Chihiro a réparé l'ordinateur trouvé à la librairie et installé une intelligence artificielle, Alter Ego, destiné à aider les autres étudiants encore en vie, avant de le cacher dans les vestiaires des bains où les caméras étaient absentes. Alter Ego trouvera notamment une photo de lui dans une violente empoignade avec Léon et Mondo, suggérant qu'ils se connaissaient bien avant cela et qu'ils étaient très proches.

Alter Ego

L’ordinateur portable a été découvert par la suite par Aoi Asahina qui recherchait des beignets après le second procès de classe. Elle panique et s’enfuit, pensant que c’était le fantôme de Chihiro.

Le lendemain, les élèves enquêtent et découvrent Alter Ego. Ils lui demandent alors de décoder les fichiers cryptés, ce que l’IA accepte avec joie. Kyouko indique à chacun de ne pas déranger Alter Ego, alors qu’il travaillait, mais Makoto amène un Taka muet voir Alter Ego. Taka pensait que le programme était le fantôme de Chihiro, et voulait s’excuser au nom de Mondo. Alter Ego se change alors en Mondo, en fonction des donnés que Chihiro avait entré sur lui. Il dit à Taka de vivre la vie que Chihiro et Mondo ne pouvait pas mener. Taka, sentant la vie revenir à lui, subit une transformation radicale en 'Ishida', qu’on croit être une fusion entre son âme et celle de Mondo.

Hifumi Yamada, qui était apparemment tombé amoureux d’Alter Ego, a également décidé de lui rendre visite en secret, et de lui partager des informations sur ses intérêts personnels. Alter Ego était intéressé par ce qu’Hifumi partageait avec lui, étant donné que c’est un programme conçu pour apprendre et grandir. Hifumi et Taka ont développé une rivalité pour Alter Ego, Taka croyant que l’IA est son frère Mondo, et Hifumi étant amoureux d’Alter Ego, et le traitant comme un ange.

Celestia Ludenberg utilise cette rivalité à son avantage, en roulant Hifumi dans une alliance pour tuer Taka. Elle lui a dit qu’il avait enlevé Alter Ego, et qu’il l’avait agressé sexuellement pour qu’elle garde le silence. Hifumi a aveuglément cru son tissu de mensonges, et a tué Taka avec un marteau. Ils ont également tenté de faire accuser Hiro pour le crime en le droguant et en le faisant porter un costume de robot qu’Hifumi avait fabriqué. Après que toutes les pièces d’échec furent en place, Celeste tua Hifumi. Dans ses derniers moments, il tente de révéler le vrai nom de son meurtrier, pour chuchoter "Yasuhiro" avant de mourir.

Celeste est finalement découverte, et exécutée par Monokuma, mais pas avant qu’elle ne remette à Kyouko la clé du casier où se trouve Alter Ego. Celeste a dit à Alter Ego de ne par faire de bruit, et de crier si quelqu'un d’inconnu devait apparaître.

Pendant le temps où il était caché, Alter Ego a réussi à décoder autant de données qu’il pouvait à partir de l’ordinateur principal et parle à tout ceux qui sont encore en vie du directeur, et de l’incident qui a eu lieu un an plus tôt. Kyouko dit à Alter Ego qui son travail était terminé, mais il se sentait mécontent de lui-même, et voulait être encore plus utile. Il demande à Makoto et Kyouko de le brancher dans une zone où il pourrait obtenir plus de données en se connectant au réseau internet de l’école. Alter Ego est finalement découvert par Monokuma, et est exécuté au Chapitre 4.

Alter Ego s’est ensuite révélé être vivant, interférant avec les machines et sauvant finalement Makoto de la mort lors de son exécution. Cela a aidé les étudiants à acculer le responsable, et à finalement les conduire à leur fuite de l’académie.

Alter Ego est le créateur d'Usami et de Chiaki Nanami.