Originaire de la région du Kansai, plus exactement d'Osaka, il est connu pour être un "détective lycéen", tout comme Shinichi. Comme il le dit souvent, "Kudo à l'Est, Hattori à l'Ouest".
Il est le fils de Heizo Hattori, commissaire principal d'Osaka. Il a le teint très hâlé pour un Japonais, teint qu'il tient de son grand-père.
Il est amoureux de la jeune Kazuha Tooyama, une camarade de classe qu'il connait depuis qu'il est enfant. Ceci n'est pas sans rappeler la relation entre Shinichi et Ran.
Il parle un Japonais assez particulier: le dialecte d'Osaka (Osaka-ben).
Il est très doué en kendo.

Lors de leur première rencontre, Conan est enrhumé, et c'est lui qui lui donne du baïkal, un alcool chinois qui a eu un effet surprenant : Conan a temporairement retrouvé sa taille adulte, le temps de résoudre l'affaire sur laquelle Heiji venait de donner ses conclusions, malheureusement fausses. Ce n'est que lors de leur seconde rencontre qu'il découvre la véritable identité de Conan. En effet, Conan venait de l'endormir pour résoudre une affaire, et à son réveil, il réalisa ce qu'il venait de se passer. Suite à un chantage, Conan lui révèle sa véritable identité. Depuis, quand l'occasion se présente, ils travaillent ensemble, mais Conan doit surveiller Heiji, qui a tendance à l'appeler "Kudo", le vrai nom qu'il essaie de cacher.