Nagisa est un élève de la classe 3-E du lycée Kunugigaoka et un apprenti tueur à gages. C'est un garçon réservé et discret, souvent confondu pour une fille à cause de ses couettes et son apparence frêle. Il est d'ailleurs le plus petit de sa classe. Il est très observateur et étudie minutieusement les habitudes et potentielles faiblesses de Koro-sensei, dont il prend note dans l'espoir de trouver une faille à exploiter afin de le tuer.
Il a été assez proche de le tuer : il a porté une grenade autour de son cou pour qu'un de ses camarades appuie sur le détonateur quand il serait assez proche du professeur, ce qui a presque abouti.

Il était en classe D avant de se retrouver dans la E à cause de ses résultats. Malgré son aisance en anglais, il est modeste et peu confiant en ses capacités, et sa hantise est de décevoir les attentes de son entourage depuis que ses anciens camarades ont coupé les ponts avec lui, dû à sa rétrogradation.
Assassiner Koro-sensei représente pour lui une manière de faire ses preuves et rattraper cet échec. Pourtant, malgré ses capacités physiques apparemment médiocres, il se révèle l'élève de la classe 3-E qui possède le plus de prédispositions pour devenir tueur à gages. Karasuma-sensei de même qu'un assassin professionnel comme Lovro remarqueront rapidement son potentiel, et Lovro ira même jusqu'à lui enseigner à lui seul une technique de maître, sachant qu'il serait capable d'en faire bon usage. Le talent de Nagisa réside dans sa capacité à dissimuler efficacement sa soif de sang, un don naturel pour l'assassinat qui lui permettra de vaincre Takaoka-sensei au cours d'un duel à deux reprises.

Il a été embrassé par Irina et ce fais souvent chambrer par cette dernière pour qu'il lui donne les faiblesse qu'il a noté sur Koro.

Il a embrassé Kaede pour la calmer afin de lui extraire ses tentacules lorsqu'elle a essayé de tuer Koro-sensei

Nagisa semble apprécier l'ensemble des élèves de la classe 3-E, plus particulièrement Kaede Kayano et Tomohito Sugino. Il souhaite apprendre à mieux les connaître tous, et ne tolérera en aucun cas que du mal leur soit fait. Il est également ami avec Karma Akabane qu'il admire, et l'un de ceux qui le connaissent le mieux pour avoir été dans la même classe auparavant, et s'entend bien avec sa voisine Rio Nakamura, étant tous deux les meilleurs de la classe en anglais. Il n'est par contre pas très bon en science.