Shinichi Kudo est le personnage principal de l'anime. C'est le fils de l'écrivain Yusaku Kudo et de l'ex-star de cinéma Yukiko Kudo. Ses parents étant tout le temps à l'étranger, Shinichi vit tout seul chez lui. Fan de Sherlock Holmes et excellent joueur de foot (il pouvait passer professionnel), Shinichi est un détective tellement brillant qu'il est surnommé par les journaux "le sauveur de la police japonaise". On peut aussi noter qu'il est souvent vantard (notamment avec le nombre de lettres que ses fans lui envoient) et pervers (comme tous les garçons de son âge). C'est aussi à cause de Shinichi que Kogoro Mouri a dû mal se faire confier une affaire.
Lors d'une sortie avec son amie Ran Mouri dans un parc d'attraction, il dut résoudre une affaire de meurtres. Il surprit deux hommes en noir (Gin et Vodka) d'une mystérieuse organisation et les suivit. Il fut découvert et assommé par l'un d'eux qui lui administra un poison  (APTX 4869).  À son réveil, il se rendit compte qu'il avait rapetissé de 10 ans et se rendit chez lui. Mais il rencontre son voisin, le professeur Hiroshi Agasa qui est la première personne personne à connaître l'identité de Conan Edogawa nommé ainsi en l'honneur de Conan Doyle et de Ranpo Edogawa. Depuis, Shinichi/Conan habite chez Ran Mouri. Ainsi pour retrouver l'organisation secrète dont il a été victime, Sinichi rapetissé, habite désormais chez Ran Mouri ( (le professeur Agasa avait demandé à Ran de garder son soi-disant neveu Conan sous prétexte que ses parents sont à l'étranger) , son ami d'enfance dont le père est détective. Celui-ci est un piètre détective et en résolvant les affaires qu'on lui confit, Conan fait de Kogoro Mouri un détective célèbre et renommé.
Même s'il a l'apparence d'un enfant, il est toujours Shinichi adolescent. Il réfléchit et agit comme Shinichi. C'est pour cela qu'il est toujours aussi bon au foot et aussi doué pour résoudre les énigmes.

Les parents de Shinichi seront immédiatement prévenus par le professeur Agasa du rajeunissement de leur fils. La quatrième personne qui connaîtra la véritable identité de Conan sera Heiji Hattori.