Il apparaît dès le premier tome lors de l'arrivée chaotique d'Allen à la Congrégation. Il va naître une "tension" entre ces deux personnages. Kanda (qui ne supporte pas d'être appelé par son prénom) surnommera Allen "pousse de soja". C'est un être au sale caractère , peu social, il garde une certaine distance avec tout le monde grâce a un côté froid et agressif. . Il n'hésite pas à menacer la vie des ses compagnons d'arme pour arriver a ses fins et a un certain côté très hautain avec les Traqueurs qu'il méprise beaucoup.

La seule personne avec laquelle il ne se dispute jamais se trouve être Marie, camarade d'apprentissage sous la direction du Général Tiedoll, Général qui, au passage, semble mettre notre jeune japonais à bout de nerfs. Marie semble avoir un lien avec le passé de Kanda.
Yû possède aussi un étrange tatouage sur le torse représentant le "aum" lui conférant des pouvoirs de guérison accéléré.

Malgré ses "défauts" se cache une âme torturée par un lourd secret ayant un rapport avec ses capacités régénératrices prodigieuses.

En effet, son passé reste très mystérieux et semble très sombre, Kanda étant un personnage ne faisant pas beaucoup étalage de sa vie, il ne semble pas aimer la Congrégation pour une raison obscure. Il répète sans cesse qu'il ne mourra pas avant d'avoir trouvé la personne qu'il cherche.
Dans sa chambre se trouve un étrange sablier contenant une fleur de Lotus, à laquelle il semble étroitement lié.

Exorciste plutôt doué, l’Innocence de Kanda est un sabre japonais qui peut créer des illusions ou se dédoubler pour accroître sa puissance. Elle se nomme Mugen.

Au niveau 0, c'est un katana normal : Kanda est tellement puissant qu'il n'a pas besoin de l'activer pour tuer de faibles Akuma.
Au niveau 1, le katana brille et Kanda peut envoyer des rafales d'énergie qu'il contrôle à volonté.
Au niveau 2, Kanda possède deux katanas , pratique pour les double-attaques qui lui permet d'accroitre sa puissance mais puise dans son énergie vitale.

A noter que pendant la bataille dans l'Arche Blanche, il se battra contre Skin Boric, le Noah de la Colère. La bataille fera rage et sera très ardue, malgré tout il vaincra son adversaire avant de s'effondrer. Il reste à ce jour le seul Exorciste à avoir tué un Noah.

Nous apprendrons également plus tard son lourd passé, Kanda est à l'origine un Exorciste de seconde génération, tout comme un certain Alma Karma. Il est l'un des premiers cobayes à s'être éveillé.

Au début, une tension entre les deux. Au fil du temps, Yû et Alma finissent toutefois par tisser des liens, notamment parce qu'ils comprennent chacun la douleur de l'autre à l'issue des expériences dont ils sont victimes.
Cette étrange amitié permet à Alma de garder espoir, mais lorsqu'il apprend que Yû va être "rendormi", il tente de s'enfuir avec lui pour le protéger. Arrêté par des membres du CROW, il tente de donner une nouvelle chance à Kanda mais leur tentative à tout deux échoue.
Malgré tout, décidé à sauver son ami, il se rend seul dans la salle des Innocences, afin d'acquérir le pouvoir de protéger ce qui lui est cher.

Rattrapé par des membres du CROW, Almales élimine dans un sursaut de rage après s'être synchronisé pour la première fois. Il découvre du même coup les corps des Exorcistes morts utilisés pour le projet et retrouve les souvenirs de sa vie antérieur.

Alma a hérité du cerveau d'une jeune femme, que Yû distingue parfois sous forme fantomatique. Il s'agit en fait de la jeune femme qu'il aimait avant de "renaître", ce qui explique l'attirance des garçons l'un pour l'autre.

Après avoir découvert la vérité, Alma sombre dans la folie et massacre tous ceux qu'il croise, y compris Edgar, qui cherchait pourtant à l'aider. Il tente ensuite de tuer Yû tout en se suicidant, mais sans succès, puisque les Exorcistes de Seconde Génération disposent de facultés de récupération extraordinaires.

Il est finalement mis hors d'état de nuire par Yû, qui a trouvé la volonté de vivre grâce à Marie.

On apprend que ce dernier n'est finalement pas mort mais dans le coma depuis 9 ans.

Compatible avec l'Œuf, il a été utilisé dans l'expérimentation ayant donnée naissance aux Exorcistes de troisième génération.

Le Comte cherche à tout prix à le "réveiller" et compte utiliser Yû Kanda pour cela. Grâce à ses pouvoirs, Wisely force Kanda (ainsi qu'Allen et Road qui ont malencontreusement été pris dans le sort) à revivre une partie de son passé afin d'atteindre la conscience d'Alma.

Malgré l'intervention d'Allen, qui brise le sort de Wisely, Alma reprend ses esprits sous forme d'Akuma, sa haine pour la Congrégation s'étant transformée en matière noire.

Un long combat à mort se suit. Allen essaye de comprendre pourquoi il lutte avec tant de sérieux. Le Comte Millénaire fera tout pour qu'il rejoigne son camp ce qu'il refuse.

Alma et Kansa continue leurs combats brutalement et Allen finit par intervenir et sera poignarder par Kanda alors qu'il protéger Alma. Kanda revient à lui. Alors qu'Alma attaque toujours, le corps d'Allen commence a monter au ciel et créer une onde de choc. Il commence à se transformer en Noah mais qui sera stoper grâce à une illusion de Mana. Il se réveille pour voir l'âme au sein de Alma, qui est en fait la femme que Kanda a cherché. Alma crie pour Allen ne pas le dire et dans une dernière tentative pour tuer Kanda, Alma s'autodétruit. Comme la fumée se dissipe, le corps de Kanda se désagrège au sol. Comme il commence à se régénérer, il appelle à Allen, tandis que l'âme d'Alma commence à être mangé par Dark Matter. Allen assiste Kanda à atteindre Alma, lui demandant d'ouvrir une porte à l'endroit où ils ont eu leur première mission, afin que lui et Alma soit en paix lui donnant Mugen. Avant qu'il attrape Alma, Allen l'appelle et lui dit que Kanda est le seul capable d'aider Alma. En réponse, Kanda lui sourit et dit: «Je vous remercie. Allen Walker." Il attrape alors Alma et lui dit qu'ils vont sortir de l'innocence et de l'église ensemble. Alma crie joyeusement, leur lien d'enfance réaffirmé. Cependant, Kanda met également en larmes en lui et Alma tomber à travers la porte, sachant qu'il ne lui reste plus beaucoup de temps, et arrive à la scène où Lala avait chanté sa dernière chanson sur la première mission de Allen. Ils resteront ensemble jusqu'à que Alma finisse par mourir et son âme s'envoler.

  Kanda sourit ensuite légèrement avant de fermer ses yeux, encore berçant le corps d'Alma. Après une enquête plus approfondie de l'ordre qui ont trouvé Mugen couvert d'une rouille étrange, qui a été interprété en ce sens qu'il a perdu sa compatibilité. À cause de cela, Yu Kanda était présumé mort.

Ce qui s'avère pas le cas plus tard.