Yukiteru Amano  dit « First », est un lycéen timide, peureux et asociable. Il s'imaginait que Deus était son ami imaginaire, il sera vite dépassé par tous les évènements liés au jeu de survie. Son Mirai Nikki, le « Journal du hasard » est un téléphone portable qui lui fournit un grand nombre d'informations sur tout ce qui arrive autour de lui, mais rien sur ce qui lui arrive.

Jusqu’à la fin du jeu, Yukiteru fait équipe avec Yuno Gasai, dont le journal lui est lié, donnant tous ses faits et gestes. Elle le sauve tout d’abord de Third et trouve une stratégie pour se débarrasser de lui. Ils doivent ensuite affronter Ninth et font la rencontre de Fourth avec qui ils font alliance, mais Ninth s’enfuit après s’être fait crever un œil par Yukiteru. Ce dernier passe alors du temps avec Yuno, surveillés par Fourth, espérant attirer et piéger Ninth ; passant une nuit chez Yuno, il ouvre une salle étrange et y découvre trois cadavres, dont deux s’avéreront être ceux de ses parents et s’enfuit. Dès lors, Yukiteru se méfie beaucoup de Yuno, mais doit composer avec elle car elle continue à le suivre ; à la poursuite de Ninth qui a été enlevée par Twelfth, ils se rendent au quartier général de la secte de l’Œil Sacré ; ils combattent et vainquent Twelfth qui se fait exploser, puis se débarrassent de Sixth qui tentait de les tuer. La mère de Yukiteru revient à leur domicile et annonce qu’ils vont recevoir un garçonnet dont les parents appartenaient à l’Œil Sacré et ont été tués ; ils s’avère que ce garçon est Fifth et cherche à les tuer ; après l’avoir affronté et vaincu, ils sont empoisonnés et ne doivent leur salut qu’à Ninth qui a fait un pacte avec Fourth et vient les sauver.

Yukiteru et Yuno font leur rentrée dans un nouveau collège où ils font la rencontre de plusieurs camarades, dont Aru Akise, un jeune détective ; ensemble, ils doivent faire face aux chiens tueurs de Tenth. Alors qu’ils ont enfin réussi à se sortir d’affaire et que Tenth est mort, Yukiteru et Yuno prennent un peu de temps ensemble en allant à un colloque pour les couples se préparant à un mariage. À leur retour, Fourth les trahit, ayant appris que son fils était malade, et voulant gagner le jeu pour le sauver ; il tente de les tuer avec l’aide des forces de police qu’il contrôle. Ils se réfugient dans l’hôpital où se trouve le fils de Fourth, mais sont attaqués par Ninth que Fourth utilise comme garde du corps. Ils parviennent à retourner Ninth de leur côté et prennent en otage le fils et la femme de Fourth ; grâce à Aru, ils parviennent finalement à faire arrêter Fourth, qui se suicide.

C’est alors que Yuno perd partiellement la mémoire et la raison ; pour protéger Yukiteru, elle l’emmène dans une ville isolée, le drogue et le maintient prisonnier. Aru et les amis que Yukiteru s’est fait lors de son affrontement avec Tenth partent à sa recherche. Ils finissent par le localiser dans un hôtel désaffecté, mais sont piégés par Yuno qui manque de les tuer. Sauvés in extremis par Yukiteru qui est finalement parvenu à se libérer, ils s’enfuient. Ils doivent alors faire face aux « apprentis détenteurs » de Eighth, dont deux se trouvent être Seventh, affrontement durant lequel le père de Yukiteru fait son apparition. Alors que Seventh est enfin vaincu, Yukiteru s’aperçoit avec horreur que son père à poignardé sa mère qui voulait l’emmener à la police. Voulant lui faire avouer sa culpabilité, il le suit, mais ils sont attaqués par les hommes de Eleventh, et le père de Yukiteru est à son tour tué.

Devenant fou de douleur et de rage, Yukiteru décide alors qu’il va gagner le jeu pour devenir Deus et faire revenir ses parents. Avec l’aide de son journal, puis de Yuno qui le rejoint, il massacre les hommes de Eleventh ; en enquêtant à la mairie avec son journal, il découvre son identité, et décide de préparer un plan pour se débarrasser de lui en utilisant Eigtht. S’alliant à elle, ils tendent une embuscade à Eleventh en utilisant les journaux d’apprentis des orphelins, mais la trahissent au dernier moment. Eigtht est récupérée par Eleventh qui s’enfuit, mais Yukiteru et Yuno les rattrapent. Au moment où ils s’apprêtent à les tuer, Ninth surgit avec Aru et les arrêtent : ce dernier a découvert que Yuno est une usurpatrice, l’analyse ADN ayant confirmé que le troisième cadavre trouvé chez Yuno était elle-même. Eleventh profite de la confusion pour s’enfuir avec Eighth et se sert d’elle pour relier ses super-ordinateurs HOLON à son serveur, et distribuer des journaux du futur à toute la ville. Ninth décide de tuer Eleventh, et parvient à détruire un des ordinateurs avec l’aide de Nishijima. S’alliant aux amis de Yukiteru, ils s’attaquent aux deux autres ordinateurs permettant à Yukiteru et Yuno de faire diversion pour attaquer Eleventh. Nishijiima est tué, ce qui met Ninth en colère ; elle menace Yukiteru de le tuer s’il échoue à tuer Eleventh. Ce dernier s’enferme dans un coffre de la banque Gasai qui ne peut être ouvert que par lui ou un membre de la famille Gasai ; pensant que Yuno n’est pas la vraie, il se croit en sécurité. Ninth tente alors de tuer Yukiteru, mais ce dernier parvient à la piéger et la blesser mortellement ; Ninth se fait exploser contre la porte du coffre sans résultat. Yuno arrive, ouvre la porte et tue Eleventh pendant que Yukiteru détruit l’ordinateur.

Deus commence à se déliter et la fin du monde est proche ; plusieurs boules noires apparaissent, détruisant partiellement la ville. Aru a récupéré Eighth et donne rendez-vous à Yukiteru et Yuno ; il prévient Yukiteru qu’il ne pourra pas faire revivre ses parents ni toutes les personnes qu’il a tué, même s’il devient Deus ; Yuno l’accuse de trahison et l’attaque pendant que Yukiteru part à la poursuite de Eighth qui est escortée par ses amis. Yuno est vaincue par le journal qu’Aru a obtenu par Eight et se poignarde elle-même pour le tromper. Alors qu’Aru va rejoindre Yukiteru, elle appelle ce dernier, lui disant que ses amis l’ont trahi. Yukiteru tue ses amis et Eighth, tandis que Yuno surgit et tranche la gorge d’Aru. Celui-ci comprend soudainement que Yuno ne vient pas de ce monde, qu’elle a déjà gagné le jeu et est revenue dans le temps en tuant son alter ego, créant un nouveau monde ; il tente d’avertir Yukiteru en écrivant sur son portable pour lui montrer, mais ce dernier ne comprend pas.

Yukiteru et Yuno passent ensemble les derniers jours avant la fin du monde, et finissent par s’unir un jour avant la date prévue par le journal de Yuno, mais juste après, quand Yukiteru demande à Yuno ce qu’Aru a voulu dire, celle-ci cherche à le tuer. Murmur, l’assistante de Deus arrive et explique à Yukiteru comment et pourquoi la Yuno du premier monde est revenue après être devenue Deus. Ayant décidé dans le premier monde un suicide commun avec Yukiteru, elle n’avait pas avalé le poison afin de pouvoir le ressusciter en devenant Deus ; voyant qu’elle ne pouvait pas, elle était revenue dans le temps pour passer à nouveau du temps avec lui, avec l’assistance de Murmur. Ils se retrouvent sur une sphère flottante dans les airs créée par Murmur et Yukiteru chute dans le vide ; au moment où Murmur s’apprête à déclarer Yuno la gagnante du jeu, Ninth qui a été sauvée par Deus lui-même pour contrebalancer les combines de Murmur et Yuno survient et sauve Yukiteru grâce aux pouvoirs de Deus dont une partie lui a été transmise. Yuno et Murmur retournent dans le passé deux ans avant le début du jeu formant ainsi le troisième monde, suivies par Ninth et Yukiteru. Tandis que Ninth est mise hors de combat par Murmur, libérée du sceau qui restreignait ses pouvoirs par Yuno, Yukiteru est scellé dans une réalité fictive où tous ses rêves sont réalisés et se retrouve avec ses parents. Yuno parle avec son alter ego du troisième monde, tentant de se persuader que son futur la rendra malheureuse et qu’elle doit la tuer ; au moment où elle se résout à le faire, les parents de la Yuno du troisième monde interviennent pour la protéger, grâce aux fluctuations que les personnes du second monde ont provoqué en s’introduisant dans le troisième. Yukki finit par se rendre compte que quelque chose cloche dans son monde virtuel idéal ; il brise sa prison au moment où Yuno s’apprête à tuer celle du troisième monde avec ses parents, et l’arrête. Le futur de tous les participants change, et Yuno se poignarde elle-même, faisant de Yukiteru le Deus du second monde. Ce dernier devient alors le dieu dépressif d’un monde vide avec la Murmur du second monde qui avait été emprisonnée par celle du premier monde. Dix-mille ans après, il n’a rien créé et pense continuellement à Yuno, pensant qu’un monde sans elle n’a aucun intérêt.

Dans le manga, la Yuno du troisième monde a obtenu les souvenirs de la Yuno du premier monde, aidée par le Murmur du premier monde ; avec la Murmur du troisième monde, elles créent un passage dans l’espace temps entre le second et le troisième monde ; la Yuno du troisième monde invite Yukiteru dans le troisième monde, où ils retrouvent Deus qui annule son jeu et en fait ses héritiers. Dans l’anime, les retrouvailles entre Yukiteru et Yuno ne sont que suggérées : Yukiteru voit son journal prédire la visite soudaine de Yuno et entend soudainement la voix de Yuno crier « Yukiiii ! »… L'OAV Mirai Nikki Redial (tiré du one shot du même nom et du même auteur que le reste de la série) nous montre comment la Yuno du troisième monde récupère les souvenirs de la Yuno du premier monde et finit par rejoindre Yukiteru, leur permettant de vivre enfin ensemble dans le troisième monde, après être allés contempler les étoiles ensemble.

Quant au Yukiteru du troisième monde, il a une vie heureuse avec ses parents qui ne se sont pas séparés ; il a pu vivre ses rêves, a une vie sociale plus épanouie que le Yukiteru du second monde, et est en couple avec sa déléguée de classe.