Hohenheim est le père d'Edward et Alphonse Elric, il a quitté sa famille peu de temps avant la mort de sa femme, Trisha.

Hohenheim se définit comme un monstre, il semble être immortel même si cela n'est pas dit explicitement. (Il se fait tirer dessus à bout portant et pourtant, seuls ses vêtements sont abimés.)

Celui qui dirige les homonculus, se prénommant Père, lui ressemble énormément et la première réaction est de penser qu'ils sont la même personne mais les doutes sont levés lorsque Ed et Al se retrouve dans le repère de Père et où ce dernier semble ravi qu'Hohenheim soit toujours en vie et qu'il ait eu des enfants.

Vers la fin, on apprend qu'Hohenheim était en fait un esclave de la ville de Xerxès. Il portait le numéro 23. Il travaillait dans les laboratoires et c'est là qu'il rencontra Père, qui était alors un Homonculus sous la forme d'un amas gazeux noir (ressemblant à Pride) dans une fiole. Père profitera de lui et en échange de son savoir, il demandera à Hohenheim de le mettre en relation avec le roi de Xerxès. Il propose au Roi de lui dévoiler le secret de la vie éternelle mais au lieu de la donner au roi, il s'en servira pour lui-même. Pour ce faire, un cercle de transmutation est nécessaire. Le principe du cercle de transmutation est de donner en sacrifice toutes les vies humaines présentes dans le cercle à l'être qui se trouve au milieu. En réalité, ce sont Hohenheim et l'homonculus qui se trouvaient au centre du cercle, et non le Roi de Xerxès, comme lui a fait croire le petit être gazeux. C'est donc dans cette logique que Van Hohenheim et l'homonculus reçoivent tous deux, la moitié du sacrifice.

Hohenheim est donc une Pierre Philosophale de forme humaine, comme Père. Il ne supporte pas de savoir qu'il possède les âmes de ses amis dans son corps. D'ailleurs,  il prononce à voix haute une série de noms, sans doute ceux des anciens habitants de Xerxes, s'excuse en disant qu'il a encore besoin d'eux, puis plonge ses mains dans son corps pour en faire sortir des Pierres philosophales.

On peut penser que c'est lui qui a appris aux habitants de Xing l'élixirologie.

Il y a une énorme connaissance en alchimie du à sa longue vie d'existence. En plus d'être capable de réaliser des transmutations sans cercle de transmutation mais peut également utiliser la transmutation sans même bouger son corps et peut contourner la loi de l'échange équivalent avec facilité. Il est capable de converser avec tous les âmes de son corps et semble être donc le plus puissant de tous les alchimistes grâce à la pierre et son soutien.

Il a également soigné Izumi Curtis en utilisant le pouvoir de la Pierre pour raccommoder ses organes internes.

Lors du Jour Promis, après une bref lutte contre Pride, il affronte Père qui lui absorbe quelques âmes de sa pierre mais Hohenheim réussi à détruire le corps de Père mais cependant celui ci réussi à vivre le laissant dans une mauvaise situation. Lorsque Ed, Al et Izumi apparait, Père a absorber Hohenheim dans son corps. Il a survécut à l'incident car il peut communiquer avec les âmes de la Pierre ,quelque chose que Père ne peut pas faire. Il est libéré plus tard pour être un sacrifice avec les autres et ouvre la Porte de la Vérité et il reste plus que Ed, Al, Izumi, Roy, Riza, May, Gredd/Ling, Scar, Wrath, Pride et les Chimères qui survivent sinon toutes la population meurs.  Après que Dieu réside en Père, il fait pleuvoir une puissante explosion d'énergie sur les sacrifices ( Ed, Al, Izumi, Roy et Hohenheim ),ce dernier d'ailleurs créa un bouclier d'alchimie pour les protéger. Il révéla alors son plan et grâce à des fragments de la pierre philosophale réparti sur la ville et le cercle de transmutation ( l'ombre de la Lune ), il fera ressusciter tous les personnes qui ont périt.

Ensuite il affronta lors d'une courte lutte Hohenheim car avec May, le seul pouvant utiliser l'alchimie jusqu'à qu'un groupe d'Ishvalvans fait un contre cercle du Père pour que tous puisse utiliser l'alchimie.

Père se retire alors pour pouvoir reconstituer la Pierre.

Lorsque Père créa une explosion, il protègera Izumi de la majorité de son corps.

Quand il dira la vérité à ses enfants après la défaire de Père et après que Ed lui a cadré un uppercut du poing droit (son auto-mail), ils refuseront d'utiliser leur père pour récupérer leurs corps d'origine, sachant qu'ils ne veulent pas utiliser des âmes humaines pour parvenir à leurs fins.

Ed, supprimant son alchimie parvient à sauver Al qui retrouve son corps.

Il est devant pour la dernière fois devant la tombe de sa femme où il décède avec le sourire aux lève car au début il n'y avait aucun sens à sa vie avant sa rencontre avec Trisha et ses enfants.