Komaru Naegi est la petite sœur de Makoto Naegi, de qui elle a été séparée juste avant que la catastrophe n'ait lieu. Elle est maintenant dans la ville de Towa en compagnie de son amie Tôko Fukawa. Ses cheveux sont courts et marron.

La jeune fille apparaît alors lorsqu'elle souhaite apparemment laver Tôko qui ne semble pas motivée à prendre une douche. Mais au moment où la jeune fille semble avoir réussi à attraper son amie, Byakuya les contacte pour qu'elles partent toutes deux à la recherche de Monaka, qui est sans aucun doute la responsable de la tuerie des dirigeants de la Fondation Future qui est en train d'avoir lieu. Elle travaille donc aussi pour la Fondation.

Komaru se bat en utilisant un haut-parleur spécial qui lui permet de faire différentes choses, comme contrôler un Monokuma pour qu'il puisse lui rendre service. Elle peut également les éliminer, ce qu'elle fait lorsqu'elle cherche le repaire de Monaka.