Il sera présent durant le camp d'été jusqu'à l'arrivée des ennemis. Avec Katsuki, ils affronteront Moonfish mais avec les blessés présent, le combat est difficile. Soudain Shoto remarque Mezo portant Izuku vers eux tout en fuyant une ombre noire incontrôlable gigantesque. Mezo plaide avec Shoto et Katsuki et leur demande de créer de la lumière avec leurs alter. L’Ombre Noire déchaînée fait sauter Moonfish et l’écrase. Shoto se prépare à utiliser son feu pour affaiblir l'alter de Fumikage, mais Katsuki lui dit d’attendre jusqu’à ce que Dark Shadow finisse sa folie. Dès que Dark Shadow aura vaincu Moonfish, Shoto et Katsuki utiliseront leurs alters pour créer de la lumière et libérer Fumikage du contrôle de Dark Shadow.

Quelques temps apparaît, Katsuki disparait à cause de Mister Compress, un membre de l'alliance. Shoto l'affronte avec l'aide d'Izuku.  Cependant, malgré la libération que Fumikage qui avait été prisonnier, ils ne pourront pas sauver Katsuki qui disparaît dans le portail de Kurogiri.

Après cette échec et l'enlèvement de Katsuki, il décidera avec d'autres élèves de la classe d'aller le récupérer mais ils sauront d'aucune utilité face à la peur que va provoquer l'arrivée de All For One.

Sa présence même frappe les étudiants de peur. Ils retiennent désespérément leur souffle et se cachent derrière le mur brisé, craignant de se faire tuer par le vrai leader de l'Alliance des super-vilains. All For One défait sans effort tous les héros et téléporte Katsuki à son emplacement. Les autres membres de l'Alliance sont téléportés là aussi. Izuku et Shoto se préparent à faire un mouvement, mais Tenya les attrape pour les empêcher de se faire remarquer par les vilains. All For One semble les remarquer, mais c’est l’arrivée de All Might qu’il remarqua. All Might et All For One commencent leur duel. Tomura et l'Alliance ont reçu l’ordre de s’échapper par le portail de Kurogiri après avoir repris Katsuki. Les vilains l’entourent et Katsuki se bat pour éviter la capture. Izuku propose un plan pour sauver Katsuki sans se battre et les autres sont d’accord. Katsuki sait que All Might ne peut pas aller contre All For One parce que son élève est tout près. Cela oblige Katsuki à garder ses distances avec les vilains, ce qui donnera aux étudiants une ouverture pour le sauver. Izuku, Tenya et Eijiro utilisent leurs alters pour percer le mur. Shoto crée une rampe de glace géante pour eux afin qu’ils soient au-dessus du champ de bataille. All Might empêche All For One d’intervenir et Eijiro appelle Katsuki parce qu’ils sont amis. Katsuki écoute et utilise une grande explosion pour se propulser dans les airs puis en utilise une autre pour atteindre Eijiro, complétant avec succès la mission de sauvetage.

Shoto lit les nouvelles de la retraite de All Might sur son téléphone comme il rentre à la maison. Fuyumi l’accueille chez lui et lui dit qu’elle était inquiète. Shoto s’excuse, puis elle lui dit que leur père devient fou dans sa salle d’entraînement. Shoto va voir par lui-même, réalisant que Endeavor est le héros numéro 1 maintenant que All Might ne peut plus se battre. Shoto jette un oeil dans la salle d’entraînement pour voir son père pleurer les événements qui se sont produits. Comme Shoto regarde, Endeavor allume plus de la moitié de la pièce en feu et il dit qu’il refuse d’accepter de devenir numéro 1 de cette façon.

Il participe à l'examen provisoire mais échouera à cause de sa rivalité avec Inasa qui a une rancune envers son père. Cependant, il ira au rattrapage avec Katsuki et Inasa mais aussi Camie. Ils sont assignés à une épreuve où ils doivent sauver les enfants en difficulté en utilisant leur cœur. Ils finissent par réussir en coopérant. Après l'examen, Endeavor (qui a assisté à l'épreuve) s’approche de Shoto et dit que ça fait longtemps qu’ils ne se sont pas vus. Il tend la main à son fils et dit qu’il a beaucoup changé, mais Shoto lui claque la main. Malgré le rejet de Shoto, Endeavor dit qu’il est fier de son fils et qu’il veut devenir un héros dont son fils peut être fier. Shoto dit maladroitement Endeavor de faire ce qu’il veut. Endeavor part et Shoto le regarde avec le sourire.

Lorsque Endeavor affronte un puissant Nomu intelligent, Shoto l'observe via la télévision. Le Nomu réussi à mettre à terre son père et le blesser. Apparemment battu, est à terre et Shoto est en état de choc total. Endeavor de relève et continue à se battre. 

Aizawa et les camarades de classe et de Shoto le surveillent tandis qu'il regarde son père perdre allongé sur le champ de bataille. Il est étonné d'entendre qu'un citoyen défend Endeavor devant les médias. Il dit aux journalistes de mieux considérer Endeavor comme le héros qui se donne à fond pour eux. Endeavor fait un dernier effort contre le monstre et Shoto hurle pour son père tandis qu'il le regarde à la télé. Il sera soulager de la victoire de ce dernier. Shoto obtient la permission de sortir de l'école et rentre à la maison. Il se réunit avec ses ses frères. Leur père entre dans la maison et Shoto fait une remarque sur sa nouvelle cicatrice. Fuyumi est gênée qu'aucun de ses frères ne le salue correctement. Natsuo sort comme un ouragan après avoir prétendu que leur papa ne changera jamais et qu'il ne mérite pas de pardon. Shoto dit qu'il n'a jamais vu Natsuo aussi émotif. Enji, Fuyumi et Shoto écoutent la télévision diffusant l'opinion publique sur Endeavor. Shoto dit que Endeavor est un héros impressionnant, mais il n'a toujours pas pardonné son père. Il est enclin à voir comment son père peut changer parce que Shoto sait comment une influence peut changer quelqu'un.

Il participe à l'entraînement commun, il fait équipe Shoji Mozo, Tenya Iida et Mashirao contre Tetsutetsu Tetsutetsu, Juzo Honenuki, Pony Tsunotori et Sen Kaibara. Ils finissent à égalité.

Par la suite, il fera un stage avec Deku et Bakugo dans l'Agence d'Endeavor. Durant ce stage, ils vont sauver Natsuo, son frère d'un ennemi: Ending.

Il participe à la bataille contre le Front de Libération Paranormal où il sera dans le groupe pour évacuer les civils mais finalement il intervient durant le combat contre Tomura en sauvant notamment Eraser Head puis il se confrontera à Créamatorium qui révèle que son vrai nom est Toya, le fils supposé décédé d'Endeavor et le frère de Shoto à leurs plus grande stupéfaction. 

Toya leur dit qu'il surveille de près Endeavor depuis l'ombre et qu'il diffuse actuellement un pré-enregistrement de l'histoire de sa vie et de la vérité sur le passé d'Endeavor dans tout le pays. Toya révèle que depuis "ce jour-là", il avait réfléchi aux meilleurs moyens de détruire Endeavour, son plan d'action initial étant d'attendre que Shoto soit devenu le héros qu'Endeavour a toujours voulu qu'il soit, puis de le tuer. Mais décida finalement de détruire l'image publique d'Endeavor. On apprend également que c'est ce dernier qui a envoyé Ending qui a capturé Natsuo. Shoto se confronte alors à Toya. Finalement, lorsque Endeavor tombe inconscient suite à son attaque contre Machia, Toya ne trouve plus aucune raison de continuer à combattre Shoto car il veut que son père le regarde tuer son plus jeune frère. Avant que Shoto ne puisse déclencher une autre attaque, Dabi s'excuse pour le changement de plan avant de faire exploser Shoto avec un Jet Burn et de le laisser tomber du ciel, et se retire vers M. Compress qui le stocke dans une bille. Shoto parvient à atterrir en toute sécurité, bien que gravement brûlé par la dernière attaque de Dabi. Puis Tomura réussira à fuir.

Deux jours après la guerre, Shoto se remettait de ses blessures à l'hôpital central. Il pense à la façon dont les flammes de Toya étaient plus fortes que celles de son père et se rend compte qu'elles étaient alimentées par sa haine. Shoto réfléchit à la façon dont Toya a détruit son corps et ruiné la vie des gens avec mépris dans sa poursuite de la disgrâce de son père, et en vient à voir son ancien lui dans son frère aîné, car il était également gouverné par sa haine pour Endeavor jusqu'au Festival des sports.

Le reste de sa famille vient alors rendre visite à Shoto, et les quatre montent dans la chambre d'Enji. Lorsque Shoto ouvre la porte, il est choqué de voir son père pleurer et ferme la porte pour faire savoir aux autres qu'Enji sanglote.Shoto se tient silencieusement pendant qu'Enji et Rei parlent du passé, de la façon dont leur famille s'est effondrée et de la façon dont Toya est devenue Dabi. Après que chaque membre de la famille ait pris la responsabilité de Toya, Rei s'exclame que Shoto a souffert beaucoup plus que n'importe lequel d'entre eux, l'a appelée "maman" malgré toutes les raisons de la détester et s'est fait de nouveaux amis à UA, déclarant qu'il est le héros de la famille. Shoto explique à son père qu'il avait initialement prévu de combattre Toya seul, mais après avoir parlé avec Rei, il s'est rendu compte que ce n'était pas que son combat. Il tend ensuite la main à son père, qui sanglote de manière incontrôlable, lui proposant de l'aider une fois qu'il aura fini de pleurer afin qu'ils puissent tous aller ensemble pour arrêter Toya.

Hawks et Best Jeanist entrent dans la pièce, révélant qu'ils écoutaient leur conversation. Hawks pose son coude sur l'épaule de Shoto et lui demande si Endeavor est celui qui a brûlé Shoto, bien que Shoto soit rebuté par la proximité du héros. Rei corrige Hawks et dit qu'elle était responsable de sa brûlure. Hawks respecte Shoto pour avoir choisi de ne pas abandonner ses parents malgré le traumatisme qu'ils lui ont causé, et le qualifie d'acte de classe, à la grande confusion de Shoto. Les héros offrent tous deux leur aide pour aider les Todorokis à faire face à Dabi.

De retour à Heights Alliance après s'être remis de leurs blessures, Shoto, ainsi que le reste de la classe 1-A, reçoivent chacun une lettre d'Izuku disant la vérité sur son alter et comment Izuku a quitté UA parce qu'il était la cible de All for One. Quelques jours plus tard, la classe 1-A discute de la lettre d'Izuku et ils arrivent à la conclusion qu'Izuku travaille actuellement avec Endeavur, Hawks et Best Jeanist.

Lorsqu'on leur a demandé s'ils pouvaient confirmer l'emplacement et la sécurité d'Izuku avec les 3 meilleurs héros, Shoto, Fumikage et Katsuki ont tous confirmé que leurs mentors respectifs ne répondaient pas à leurs téléphones. Quelques jours plus tard, impatient de leur réponse, la classe 1-A décide de rencontrer Endeavor.

Shoto demande à Endeavor pourquoi il l'a ignoré et s'il a oublié la promesse qu'ils ont faite d'arrêter Toya ensemble. Endeavor essaie de prétendre que sa volonté signifiait beaucoup pour lui, mais Shoto arrête son père et dit que ce n'est pas assez pour lui et qu'Izuku ne devrait pas être une exception et demande s'il laisse Izuku et All Might travailler ensemble. Endeavor refuse de répondre, ce qui suffit pour le dire à Shoto et Katsuki. Katsuki dit alors à Endeavour qu'Izuku ne prendra jamais en considération sa propre santé. Avec la permission du principal Nezu, la classe 1-A déménage pour ramener Izuku à UA puisqu'il est le bienvenu pour revenir.

Une fois que le principal Nezu a autorisé la classe 1-A à ramener Izuku à UA, Shoto rejoint la classe 1-A pour le rechercher tout en appréhendant tous les évadés de prison en cours de route. Après un mois de recherche sur les allées et venues d'Izuku, la classe 1-A est finalement arrivée sur les lieux pour trouver Izuku qui se confronte à la classe. Ils réussisent à lui redonner raison et Izulu retour àUA.

Voyant Izuku escorté à l'intérieur, et les civils se soutenant maintenant, Shoto se tourne vers son père et lui dit qu'ils vont "le faire" ensemble, repensant au visage de Toya, ce qu'il accepte solennellement.