En l'an 2048, le Japon est connecté au continent Eurasien par le chemin de fer transcontinental. La capitale, Tokyo, grouille de criminels et de terroristes. Une mystérieuse présence attaque et massacre les habitants, nuit après nuit caché dans l'ombre de la métropole... Quelles sont ces « entités non humaines » vivant cachées parmi le monde des humains ? Et qui est cet « Origin » qui leur fait face ?