L'inspecteur Shiratori est un jeune homme de très bonne famille et tente toujours d'impressionner Satou par tous les moyen possible, pour paraître supérieur à Takagi. Il fait tout ce qu'il peut pour les séparer quand ils ont rendez-vous et regarde très souvent Takagi avec un regard menaçant.
C'est un bon inspecteur assez terre à terre et sceptique, qui n'apprécie pas trop que Conan fouille les scènes de crime.
Cependant, à la différence de Kogoro , Shiratori prend note quand Conan souligne un point intéressant.

Lorsqu'il était enfant, Shiratori étudiait énormément pour devenir un avocat, et mémorisait des lois par coeur. Un jour, il voit une petite fille confrontant deux jeunes garçons qui essayent de voler des mangas dans une librairie. Pour le remercier de l'avoir aider, la jeune fille lui achète une boisson et fait une petite banderole représentant des fleurs de sakura, grâce au papier de la paille, disant que le sakura est le symbole du courage pour la police japonaise. A cause de cet évènement, Shiratori décida de devenir policier, plutôt qu'avocat. Shiratori rejoint ensuite le département de police de Tokyo et travaille avec l'inspecteur Megure , avant de devenir par la suite lui-même inspecteur de police. Quand Miwako Sato rejoint le département, Shiratori croit retrouver la jeune fille de son enfance, et considère donc son collègue Takagi comme son rival, pour l'affection de Sato. Shiratori demande parfois à Sato de sortir avec lui, mais elle le rejette à chaque fois. Cependant, il a finit par rencontrer Sumiko Kobayashi , son véritable amour, et sort avec elle depuis.

L'inspecteur Megure est le commissaire de police de Tôkyô. Il porte tout le temps un imperméable et un chapeau orange. Kogoro Mouri fut un de ses partenaires et ils n'ont résolu aucune affaire ensemble. C'est aussi un ami de Yusaku Kudo avec qui il a résolu diverses affaires (c'est pour cela qu'il fait autant confiance à Shinichi). Il porte un chapeau car il veut cacher sa cicatrice qu'il s'est faite en voulant sauver une femme qui est devenue son épouse. Depuis que Kogoro (ou plutôt Conan) résout les affaires, l'inspecteur lui accorde plus d'estime et de respect.

Sera Masumi est une détective qui apparaît pour la première fois dans le chapitre 768, soit l'épisode 646. Elle semble apporter beaucoup d'attention à Conan, et doute de son identité, qui coïncide avec la disparition de Shinichi et l'apparition de « Mouri L'Endormi ». On apprendra par la suite qu'elle a deux frères: un très fort qu'elle croit mort et qui est certainement Akai, et un autre très intelligent avec qui elle communique parfois au téléphone, bien qu'elle ne sache pas où il est et qui est peut-être Shuukichi Haneda, un joueur de shogi réputé. Elle vit à l'hôtel avec une fille de l'âge d'une collégienne (voir La Gamine). Elle semble amoureuse de Conan et il y a de grandes chances qu'elle connaisse sa véritable identité. C'est une détective très intelligente, bien qu'elle se trompe parfois.
Sera est de nature heureuse, est sociable et assez masculine, ce qui fait qu'elle est beaucoup aimée par ses amis de Teitan. Lors de leur première rencontre, Masumi ne trouve pas le temps de dire à Sonoko qu'elle est une fille, et les choses s'empirent lorsqu'elle déclare à Ran qu'elle est "son genre". Son apparence assez masculine est due au fait qu'elle a peu de poitrine. C'est un sujet assez délicat pour Sera, qui dit que sa mère est assez bien fournie de ce côté-là, et qui continue d'espérer que sa propre poitrine se développe un peu.

Okiya Subaru est un personnage très mystérieux dans le manga pour le moment. Il est très réservé, calme et posé. Il est également très cultivé et intelligent, et est doué pour le combat (on peut le remarquer lors de son combat avec Ran, quand cette dernière l'a pris pour un cambrioleur dans l'appartement de Shinichi). Il est aussi très souriant et respectueux dans sa manière de parler.

-Lors de sa première apparition dans le manga (lors de l'affaire "Red, White, Yellow & the Detective Boys", épisode 506, dans lequel on apprend parallèlement la venue d'une nouvelle recrue dans l'Organisation des Hommes en Noir, un surnommé Bourbon), il apparait comme étant un des suspects dans l'affaire en question, et Ai Haibara ressent la même "pression" qu'elle a lorsqu'elle sent qu'un des membres de l'Organisation est à proximité d'elle.

-Après la résolution de l'affaire, dans l'épisode suivant, il se dit être un "fan de Sherlock Holmes", tout comme Conan. Notre petit héros semble séduit après avoir sympathisé avec Okiya, mais Haibara se méfie énormément de lui. Conan va même jusqu'à lui prêter l'appartement qu'il occupait en tant que Shinichi Kudo, situé à proximité de celui du professeur Agasa (car Okiya a vu sa maison brûler lors d'un incendie, et étant étudiant, Conan a décidé de lui venir en aide en lui faisant prêt de son ancien appartement). Ai est encore plus inquiète à l'idée d'avoir à vivre juste à côté de chez un individu qu'elle soupçonne d'être un membre de l'Organisation, mais Conan semble lui faire fermement confiance, alors qu'il n'est encore qu'un inconnu...

Serait-il en réalité Akai Shuichi ? Akai ne serait donc pas mort, mais voudrait le faire croire à tout le monde pour mieux contrecarrer l'Organisation, Conan serait dans le coup, et donc au courant de cela, ce qui expliquerait pourquoi il semble lui faire confiance dès le début, comme s'il le connaissait depuis longtemps...
Par ailleurs, on remarque plusieurs ressemblances physiques entre Okiya et Akai, ainsi que la "pression" que ressent Haibara lorsqu'elle le voit, qui est similaire à celle qu'elle a ressenti lorsqu'elle a vu Akai Shuichi.

Cela s'avère exact plus tard, Conan été au courant ainsi que le directeur du FBI, c'était un coup monté afin de leurrer l'organisation.

Tooru Amuro, connu sous le nom de code Bourbon, est un membre de l'organisation des hommes en noir.
Il est spécialisé dans la collecte de renseignement mais aussi dans les déductions.

Amuro est plutôt enjoué et généreux. Dans des situations sérieuses, il semble être patient, gardant son calme. Il adore présenter ses déductions aux autres lors d'affaires. Il est également très manipulateur, piégeant les autres pour obtenir des informations.

Gin dit que Bourbon a tendance à agir en secret, comme Vermouth, et donc que personne ne peut jamais deviner ce qu'il prépare. Vodka dit que Bourbon déteste Shuichi Akai , encore plus que Gin. Bourbon croit qu'il est la seule personne capable de tuer Akai. Gin et Bourbon ne semblent pas non plus bien s'entendre, ne communiquant pas entre eux. Il est également montré que Amuro s’intéresse à Conan, pour des raisons inconnues, puisqu'il n'y a pas de preuves qu'il soit au courant de l'identité de Conan. Cependant, il est possible que Amuro commence à découvrir le secret se cachant derrière "Kogoro l'endormi". Ce qu'il réussira plus tard. Il découvrira aussi qu'il aide les membres du FBI lorsqu'il a entendu une conversation entre Jodie et Conan sur comment ce dernier a aidé le FBI lorsque Kir était à l'hôpital central d'Haido.

Tout d'abord, personne ne connaît son identité, sauf bien sur les autres membres de l'organisation. Il y a trois suspects possibles : Subaru Okiya, Sera Masumi et Amuro Tooru. Ce fut confirmé dans une enquête, où Conan se fait enlever par une meurtrière qui veut résoudre le meurtre de son petit ami. Par la suite, il est libéré, mais apparaît alors Vermouth, qui appelle Bourbon. Le téléphone de Sera, Amuro et Subaru sonne… Qui est donc Bourbon ? L'identité de Bourbon est révélée lors du chapitre 823 et de l'affaire du train mystérieux: il s'agit d'Amuro Tooru, l'élève apprenti de Kogoro Mouri. C'est un autre détective qui apparaît pour la première fois dans le chapitre 793, soit l'épisode 667. C'est à la suite de cette enquête qu'il devient l'assistant du Détective Mouri (ce dernier a accepté sa présence à la suite d'une grosse somme d'argent en guise de « paiement »). En fait, il est son disciple car il le soupçonne d'avoir un lien avec Sherry à cause de l'espionnage de Kir lors de la tentative d'assassinat de Yasuteru Domon dans le tome 49 : il l'annonce en se présentant à Shiho Miyano redevenue grande. 
Amuro ne semble pas avoir une hostilité particulière envers Shiho, à la différence d'autres membres de l'Organisation. Il tenta de la capturer vivante, à la place de la tuer, regrettant de devoir avoir recours à la violence. Amuro dit qu'il a rencontré Elena et Atsushi Miyano lorsqu'ils étaient vivants. Amuro ne sait pas que Shiho est Ai Haibara . Il croît donc que Sherry est morte suite à l'explosion d'un wagon. Mais ce n'était qu'autre que Kaito Kid déguisé.

Suite à cela, il va commencer à s'intéresser au véritable « Kogoro l'endormi » c'est-à-dire Conan, et il l'espionne sous de nombreux déguisements, avec Vermouth. Comme ils sont tous les deux des as du déguisement, Conan ne s'en rendra comte qu'après coup.  Depuis, de nombreuses choses ont été découvertes sur lui, lors de « Scarlet Shohdown ». Il était appelé Zéro quand il était jeune, car son vrai nom est Furuya Rei. Il semble avoir eu des liens avec Elena Miyano. Il déteste Akai pour une raison encore inconnue. Il a découvert le secret caché derrière la mort d'Akai, Bourbon pensant que Okiya était Akai mais Conan et Yusaku l'ont dupé et son plan a échoué. Il connaît certaines choses sur Conan, mais ne sait pas encore qu'il est en fait Shinichi Kudo. Mais il apprends que c'est lui derrière « Kogoro l'endormi ».

Bourbon est en réalité un policier de l'agence d'investigation de sécurité publique et Conan finit par le découvrir.